Фамилия Могиленко образована по модели, типичной для украинских и южнорусских фамилий: к основе «Могил-» добавлен суффикс «-енко», который изначально означал «сын» или «потомок». То есть Могиленко — это буквально «сын Могилы», а сама фамилия закрепилась за потомками человека, носившего прозвище Могила.

Прозвище Могила восходит к нарицательному «могила» с понятным значением. Однако важно понимать, что в народной среде прозвища, образованные от таких слов, далеко не всегда носили мрачный оттенок. Часто их давали за внешнее сходство: высокий, сутулый, молчаливый человек вполне мог получить такое прозвище. В этом случае фамилия ничего не говорит о роде занятий предка, а лишь фиксирует его облик или характер.

Согласно другой версии, прозвище Могила было связано с родом занятий предка: он был могильщиком. Эта гипотеза правдоподобна, но менее распространена. В ономастике фамилии, образованные от названий профессий, обычно сохраняют прозрачную связь с ремеслом (Кузнецов, Плотников), тогда как прозвища, данные по внешности, чаще обрастают переносными смыслами. Поэтому версия о внешности или поведении выглядит более естественной для такого короткого и ёмкого прозвища.

Наконец, нельзя исключить, что фамилия восходит к названию города Могилев, расположенного в Белоруссии. В этом случае Могиленко могли называть выходца из этих мест — так же, как появились фамилии Москвин, Тверитин или Рязанцев. Однако эта версия требует осторожности: суффикс «-енко» чаще указывает на отчество, а не на географическое происхождение. Для обозначения выходца из Могилева в украинской традиции скорее использовали бы форму «Могилевский» или «Могилевец».

Позже прозвище Могила, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Это типичный путь для восточнославянских фамилий: прозвище отца становилось фамилией детей, и через поколение уже никто не вспоминал, что когда-то оно было лишь дополнением к крестильному имени. В случае с Могиленко суффикс «-енко» закрепил именно родственную связь, подчеркнув, что носитель фамилии — потомок конкретного человека по прозвищу Могила.

Стоит добавить, что фамилия Могиленко встречается преимущественно в Украине и в южных областях России, куда украинские переселенцы принесли свои фамильные модели. В документах XVIII–XIX веков такая фамилия фиксировалась в казацкой среде, что косвенно подтверждает её народное, а не книжное происхождение. Никаких дворянских родов с этой фамилией история не знает, что тоже говорит о её простонародных корнях.