Фамилия Магочева образована от мужского имени или прозвища Магоч. Основа — скорее всего, краткая форма крестильного имени Магн (от латинского «великий») или же производная от имени Маг — уменьшительного от Магомет (через тюркское посредство). В первом случае перед нами редкий пример адаптации латинского корня в русской ономастике, во втором — фамилия тюркского происхождения, что для южнорусских и казачьих областей не редкость.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Магочев — сын Магоча. Форма Магочева — женский вариант той же фамилии. Такая модель типична для центральной России и Поволжья, но сама основа нетипична: в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) нет массовых примеров с корнем «маго-», что говорит о локальном или единичном происхождении.

Географически фамилия тяготеет к югу России — встречается в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в среде донских и кубанских казаков. Если предок был Магочем, он мог быть выходцем из тюркоязычной среды (чеченцы, ногайцы, татары), принявшим православие, или же русским, получившим прозвище за характерный говор или внешность — например, за рост (от «маг» — большой, могучий в южных говорах).

Вторая, менее вероятная версия: основа могла быть заимствована из осетинского или адыгского языков, где «магъ» означает «тёплый» или «солнечный». Но это лишь гипотеза, не подтверждённая статистикой. С уверенностью можно сказать лишь одно: фамилия редкая, не попавшая в массовые списки дворянских или купеческих родов, а значит, её носители в большинстве своём были крестьянами или казаками, чья история писалась не в архивах, а в устной передаче.