Фамилия Магочкин — редкий случай, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается основа, уводящая в диалектную лексику и, возможно, в личные имена. Самая прямая версия: фамилия образована от прозвища Магочка, а оно, в свою очередь, — от диалектного слова «мага» или «магота». В некоторых русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, «магой» называли болтуна, пустомелю или человека, который говорит невнятно, «мямлит». Прозвище Магочка, таким образом, могло закрепиться за неразговорчивым или, наоборот, надоедливым говором человеком — в зависимости от оттенка значения.

Суффикс -ин в фамилии Магочкин указывает на принадлежность: «сын Магочки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и уменьшительных форм личных имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются от основ на твёрдый согласный, -ин здесь закономерен.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с просторечной формой имени Макар или Матвей. Уменьшительное Магочка могло возникнуть как ласкательное обращение к Макару (через форму Мага). Однако диалектная версия с прозвищем выглядит правдоподобнее: фамилия нечастотна, и её носители исторически концентрируются в регионах, где слово «магота» фиксировалось этнографами — например, в Вологодской и Архангельской губерниях. Именно там, в среде крестьян и ремесленников, прозвища по речевым особенностям были особенно распространены.

Фамилия Магочкин не относится к дворянским или купеческим — её корни в крестьянской среде. Она не попала в массовые справочники боярских родов, но встречается в метрических книгах XIX века. Носителей фамилии можно найти в современных архивах по Вологодской, Кировской и Костромской областям, что подтверждает её севернорусское происхождение.