Фамилия Малочкин образована от мирского имени или прозвища Малочка. В основе лежит прилагательное «малый». В Древней Руси такие имена давали без особого выбора: ребёнка могли назвать по одному из внешних признаков. Малыш, Малош, Малочка — варианты одного ряда, где имя прямо указывало на рост или возраст. Потомок человека с именем Малочка со временем и получил фамилию Малочкин.

Есть и другая версия: Малочка — прозвище невысокого человека. В быту прозвища закреплялись за людьми по заметным чертам, и низкий рост был одной из самых частых причин. В этом случае фамилия образовалась по той же модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Малочкин, то есть сын или потомок Малочки).

Третья гипотеза связывает Малочку с каноническим именем Малахий, которое в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». Малочка могла быть уменьшительно-ласкательной формой этого имени, а фамилия по ней — более поздней. Однако эта версия менее правдоподобна: имя Малахий было редким в русской среде, и производных от него в фамилиях почти не встречается. Скорее всего, Малочкин — это «малая» фамилия, то есть от прозвища по размеру, а не от библейского имени.

Суффикс -ин в фамилии Малочкин — один из самых распространённых в русской ономастике. Он образует притяжательные фамилии от основ на -а, -я. В этом смысле Малочкин стоит в одном ряду с Пушкиным, Репиным, Голицыным. Географически фамилия встречается в центральных и южных областях России, но без ярко выраженного ареала. В словарях русских фамилий Малочкин не относится к числу частых, но и не уникален.