Фамилия Магсутова образована от мужского имени Магсут. В основе лежит арабское имя Максуд (Максут), которое означает «желанный», «долгожданный», «цель». В татарской и башкирской среде, где это имя было особенно распространено, звук «к» часто переходил в «г» под влиянием местной фонетики, отсюда и форма Магсут. Фамилия, таким образом, указывает на то, что предок носительницы был назван в честь долгожданного, вымоленного ребенка.

Суффикс -ов (в женском варианте -ова) — стандартный русский патронимический формант, который в Поволжье и Приуралье массово присоединяли к тюркским и арабским именам при оформлении фамилий в XIX — начале XX века. Встречается и вариант Магсутов — без «а» на конце, но для женщины форма Магсутова является нормативной.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, а также к Оренбургской и Челябинской областям. Встречается и у казанских татар, и у башкир, и у представителей сибирских татар. В дореволюционных метрических книгах можно найти и более раннюю форму отчества — Магсутович, но в качестве наследственной фамилии она закрепилась именно в виде Магсутов.

Редкая особенность фамилии — сохранение начального «Маг» вместо более привычного в русском языке «Мак». Это указывает на то, что фамилия не прошла через канцелярскую русификацию, а бытовала в устной среде, где произношение имени было местным. Если встретится вариант Максутова — это та же основа, но записанная через «к» в документах.