Фамилия Макатанов — одна из тех, где за привычным русским суффиксом скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Строение фамилии простое: корень «Макатан» и патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Макатана).

Самая вероятная версия происхождения — от личного имени Макатан. Это имя, в свою очередь, могло быть вариантом или производным от мусульманского имени Махмуд (в тюркской передаче — Магмут, Макай, Макан). В таком случае «Макатан» — это форма с уменьшительно-ласкательным аффиксом «-ан», характерным для тюркских языков (ср. Умут — Умутан, Бек — Бекеш — Бекетан). Имя Махмуд значит «похвальный», «восхваляемый», и фамилия Макатанов, таким образом, восходит к прозвищу «похвальный, достойный хвалы».

Встречается и другая, менее распространенная гипотеза: связь с тюркским словом «макат» — «цель», «намерение». Тогда Макатан мог получить человек целеустремленный, упрямый. Однако эта версия слабее, так как имена с корнем «максат» (цель) в тюркской антропонимии единичны, а вот производные от арабских имен — обычное дело.

Географически фамилия Макатанов тяготеет к Волго-Уральскому региону и Казахстану. Её носители — почти всегда потомки татар, башкир или казахов, которые в XIX — начале XX века, переходя в русское подданство или получая документы, оформляли фамилию по русскому образцу. Интересно, что в некоторых казахских родах (например, у адаевцев) встречается имя Макатан как самостоятельное, а не как вариант Махмуда, что подтверждает давнюю традицию бытования этой основы.

С социальной точки зрения, Макатановы в большинстве своем — выходцы из крестьян или казахов, приписанных к казачьему сословию. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже косвенно указывает на её народное, прозвищное происхождение от личного имени, а не от географического названия или прозвища по ремеслу.