Фамилия Макатанова — редкий случай в русской ономастике, где за привычным суффиксом -ов скрывается не славянский, а тюркский корень. В основе лежит мужское имя Макатан, которое в свою очередь восходит к арабскому «макам» — «место», «стоянка», а в переносном смысле — «достоинство», «положение». В татарской и башкирской среде имя Макатан (иногда в форме Магатан) давали с пожеланием ребёнку занять высокое место в жизни, обрести вес в обществе.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — Макатанов, то есть сын или потомок человека по имени Макатан. Форма Макатанова — женский вариант, но в быту и в документах фамилия могла закрепиться именно в таком написании, если в роду преобладали женщины или если фиксация произошла по материнской линии.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области, где веками жили татары и башкиры, принимавшие православие и получавшие русские фамилии по отцу. Нередко такие фамилии встречаются у кряшен — крещёных татар, которые сохранили тюркские имена, но оформили их по русскому образцу.

Встречается и альтернативная версия: от прозвища Макатан, связанного с диалектным глаголом «макать» — «окунать», «погружать». Так могли прозвать рыбака или того, кто занимался крашением тканей. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ан в прозвищах от глаголов встречается реже, чем в тюркских именах, и не объясняет специфического звучания корня.

Однокоренных русских фамилий практически нет, зато есть параллели в тюркском мире: Макатаев, Магатаев, Макамов. Это подтверждает, что Макатанова — не случайное искажение, а устойчивая фамилия, возникшая на стыке культур. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми уважаемыми в своей общине — не зря имя отца несло смысл «достоинство».