Фамилия Махлягина образована от прозвища Махляга, и в её основе лежит пласт народной лексики, связанной с ремёслами и народными промыслами. Разберём, что могло означать это прозвище и как оно закрепилось за родом.

По наиболее распространённой версии, прозвище Махляга восходит к глаголу «махлячить», то есть «знахарить, ворожить». В этом случае Махлягой называли человека, который занимался народным врачеванием, заговаривал болезни или ворожил. Такое именование относится к разряду «профессиональных» прозвищ: оно прямо указывало на род деятельности основателя фамилии — знахаря. В крестьянской среде знахари были уважаемыми людьми, к ним обращались за помощью, поэтому прозвище, данное по этому занятию, легко закреплялось за человеком и переходило к его потомкам.

Согласно другой гипотезе, прозвище Махляга имеет схожую этимологию со словом «махлай» — так в некоторых говорах называли ушастую шапку. Если придерживаться этой версии, то Махлягой могли прозвать либо мастера по пошиву головных уборов, либо человека, который не расставался с шапкой-ушанкой. Такая версия менее распространена, но тоже имеет право на существование: прозвища нередко давались по характерной детали внешности или одежды.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Махлягина буквально означает «дочь или жена Махляги». Такая модель образования типична для русских фамилий, которые формировались от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Прозвище Махляга закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии, которая передавалась из поколения в поколение и по сей день хранит память о происхождении рода. Потомок человека, обладающего прозвищем Махляга, со временем получил фамилию Махлягина.