Фамилия Малягина образована от прозвища или мирского имени Маляга, которое, скорее всего, давали по росту. В основе лежит прилагательное «маленький»: Малягой могли назвать младшего ребёнка в семье или просто невысокого, миниатюрного человека. Эта модель — суффикс -аг- (как в словах «бедняга», «миляга») — характерна для обиходных, сниженных прозвищ, которые легко становились основой для фамилий. Формант -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Малягин, то есть сын или потомок Маляги.

Вторая версия, менее вероятная, связывает корень с глаголом «малять» (малевать, красить), но она спорна: слово «маляга» в значении «маляр» практически не встречается в говорах, тогда как «маленький» — активная модель для прозвищ. Поэтому основная гипотеза — прозвище по размеру или возрасту.

Фамилия нечастая, но встречается в центральных и северных областях России, где суффикс -аг- в прозвищах был распространён. Известная носительница — Татьяна Константиновна Малягина (род. 1955), народная артистка России, актриса театра и кино. Социально фамилия скорее крестьянская: мирские имена и прозвища такого типа закреплялись за простыми людьми, а не дворянами.