Фамилия Малякина — женская форма, а её мужской вариант Малякин — принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: «чей сын?» — Малякин, то есть сын Маляки.

В основе фамилии лежит прозвище Маляка. Его происхождение неоднозначно, и ономасты предлагают несколько версий. Самая прямая связь — с глаголом «малякать», то есть «грубо, бесталанно рисовать, пачкать». В этом случае прозвище могли дать человеку, который любил рисовать, но делал это неумело, или же маляру-самоучке. Похожий корень встречается и в слове «малевать» (красить), так что Малякой могли назвать и просто маляра.

Вторая версия отталкивается от значения «маленький». В диалектах «маляка» — это не только малорослый человек, но и младший ребёнок в семье, «малец». Такая модель образования прозвищ от физических особенностей (Мал, Малыш, Малюта) очень типична для русской антропонимии.

Третья, более редкая гипотеза связывает прозвище с нарицательным «малеки» — так в некоторых говорах называли чуб, хохол, космы или волосатые виски. Если это так, то фамилия указывала не на рост или занятие, а на приметную деталь внешности: густые или торчащие волосы.

Какая из версий правдоподобнее? Первая и вторая — самые частотные для фамилий с таким корнем. Версия с «малякать» хорошо ложится в ряд профессиональных прозвищ (ср. фамилии Рисовалкин, Красильников), а версия с «маленьким» — в ряд прозвищ по росту (Малютин, Мальцев). Версия с «малеками» менее убедительна из-за редкости самого слова, но полностью исключать её нельзя: прозвища по причёске тоже давали (Чуб, Космач). Таким образом, потомки человека по прозвищу Маляка — рисовальщика, невысокого человека или того, кто носил чуб — со временем стали Малякиными.