Фамилия Милягина хранит в себе память о прозвище или мирском имени Миляга, которое восходит к прилагательному «милый». В старорусском языке это слово значило не только «дорогой, желанный», но и «привлекательный, хорошенький», а также «нежный, кроткий». Поэтому прозвище Миляга могло указывать либо на внешность основателя рода — миловидность и красоту, — либо на его характер: добродушие, незлобливость и кротость. Такая двузначность типична для древнерусских прозвищ: они редко описывали человека однобоко, чаще схватывали самое заметное, будь то лицо или нрав.

Есть и вторая, не менее убедительная версия. Милягой могли назвать долгожданного, желанного, любимого ребенка. В крестьянской среде, где детская смертность была высокой, появление здорового наследника считалось настоящим чудом, и родители не скупились на ласковые имена-обереги. Миляга — как раз из этого ряда: имя не столько описывало, сколько выражало родительскую нежность и надежду. Такое имя закреплялось за человеком как основное бытовое именование, а со временем легло в основу фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Милягина — это «дочь или жена Миляги», а в более широком смысле — человек из рода Милягиных. Модель образования простая и древняя: от личного прозвища через притяжательное прилагательное к фамилии. Такой путь прошли тысячи русских фамилий, но Милягина выделяется редкой основой: однокоренные Миляевы, Милютины и Миляковы встречаются чаще, а форма с суффиксом -яг- — большая редкость. Этот суффикс придавал прозвищу оттенок ласкательности и одновременно фамильярности, как в словах «бедняга» или «работяга».

Прозвище Миляга закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, вытеснив, возможно, его крестильное имя. Так потомок человека по прозвищу Миляга со временем получил фамилию Милягина. Точных сведений о географии фамилии и ее известных носителях мало, но это не умаляет ее ценности: в ней, как в зерне, заложена история о том, каким видели своего предка — милым лицом и кротким сердцем.