Фамилия Милякин — яркий пример того, как русская фамилия может сохранить в себе сразу два возможных смысла, и оба ведут в крестьянскую или мещанскую среду. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Миляка, которое образовано с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -як- (или -ак-). Этот суффикс в русских фамилиях часто указывал на принадлежность к простому сословию: он встречается в фамилиях типа Корякин, Бодякин, Синякин.

Само слово «миляк» в диалектах имело два значения. Первое — «милый, любимый человек». Так могли назвать ласкового ребёнка или доброго, приветливого взрослого. Второе значение — «милый» в ироничном смысле, как обращение к хитрому или льстивому человеку, который «милится», то есть старается угодить. Таким образом, Милякин — это потомок человека, которого в деревне прозвали Милякой за характер или манеру общения.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к центральным и поволжским регионам России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, фамилия закрепилась в одном-двух уездах и оттуда уже расселялась. Интересно, что в некоторых говорах слово «миляк» могло означать и «земляк», «односельчанин» — тогда фамилия указывала не на черту характера, а на происхождение: «Миляками» в чужой местности называли выходцев из одной деревни.

В отличие от фамилий на -ов и -ев, которые массово давали по имени отца, Милякин с суффиксом -ин указывает на прямое родство: «чей?» — «Милякин», то есть сын Миляки. Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Если сравнивать с однокоренными Миляевым или Милюковым, то Милякин стоит ближе к простонародной, бытовой традиции именования — без книжного налёта.

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в основном среди крестьян и мещан. Известных носителей, вошедших в крупные энциклопедии, нет, что только подтверждает её «почвенный» характер: это фамилия трудового люда, а не дворянства или купечества первой гильдии.