Фамилия Милякина — женская форма фамилии Милякин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Миляка. В основе лежит древнерусское некалендарное имя Миляй, которое образовано от слова «милый» с помощью суффикса -яй, характерного для просторечных форм (ср. Добряй, Удаляй). Миля — уменьшительная форма этого имени, а Миляка — ещё более ласкательный вариант, с суффиксом -ак-, который в русской антропонимии часто придавал прозвищу оттенок фамильярности или принадлежности к определённой среде. Таким образом, Милякин буквально означает «сын Миляки» или «потомок Миляки».

Интересно, что суффикс -ак- в фамилиях не так распространён, как -ов или -ин, но встречается в северных и центральных русских говорах. В ономастике эта модель тяготеет к прозвищам, а не к крестильным именам: Милякой могли назвать ласкового, приветливого или, наоборот, изнеженного человека. В словаре древнерусских имён С. Б. Веселовского встречается имя Миляй (крестьянин, XV век), что подтверждает давнюю традицию такого именования.

Географически фамилия Милякин (и Милякина) редкая, её следы прослеживаются в основном в Поволжье и на Урале. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Миляка в Казанском и Вятском уездах. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами — фамилии на -акин (-якин) редко фиксировались в родословных книгах благородных сословий.

В современном русском языке фамилия Милякина не имеет устоявшейся омонимии с нарицательными словами, что облегчает её этимологию. Споров по поводу корня почти нет: версия от «милый» — единственная убедительная. Альтернативные гипотезы (например, от тюркского «миляк» — «ястреб») лишены документальной базы и не объясняют суффиксальной структуры.