Фамилия Махмудахунов образована от тюркского мужского имени Махмудахун. Первая из них восходит к имени Махмуд, которое в переводе с арабского означает «прославленный, достойный похвалы». Вторая часть ведет свое начало от персидского имени Ахун – «наставляющий на путь истины», «учитель, наставник; близкий человек». Таким образом, буквально имя Махмудахун означает «прославленный учитель». Таким образом, потомок человека, которого звали Махмудахун, со временем получил фамилию Махмудахунов.