Фамилия Махнырев — одна из тех, в которых самый интересный элемент находится в середине, а не в начале или конце. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ев (указывающий на принадлежность «чей?»), то остаётся основа Махныр-. Именно она и требует разбора, потому что в русском языке нет общеупотребительного слова «махныр» или «мохнырь». Скорее всего, это прозвище, образованное от диалектного или профессионального слова.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с южнорусскими и украинскими говорами, где «махнути» — значит махнуть, взмахнуть, а также ударить. «Махнырь» могло быть прозвищем человека размашистого, неаккуратного в движениях, либо, наоборот, того, кто работает «с маху» — косаря, плотника или кузнеца, наносящего сильные удары. В пользу этой версии говорит и суффикс -ыр-, который в русских прозвищах часто придаёт слову оттенок грубоватости или просторечия (сравните: «балбес» — «балбесырь», «козырь» — «козырять»). Таким образом, Махнырь — это человек, который «махает», возможно, неловко или размашисто.

Менее вероятна, но допустима связь с тюркскими корнями, где «махныр» могло быть переосмыслением личного имени или прозвища, заимствованного в период активных контактов с татарами. Однако в русской ономастике для фамилий на -ырев чаще находят славянскую основу, чем восточную.

Встречаемость фамилии Махнырев довольно локальна. По данным открытых источников и телефонных справочников, наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в центральных и южных регионах России, а также на Украине. Это указывает на то, что фамилия не получила широкого распространения по всей стране, а осталась в пределах определённой диалектной зоны, где исходное прозвище было понятно окружающим. Встречаются также варианты написания с буквой «ы» после «х» — Махнырёв, что является чисто орфографической особенностью (ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Махны́рев).

В целом, предок современного Махнырева был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, получившим прозвище за характерную манеру работы или движений. Фамилия эта недворянская, поздняя, оформившаяся в среде, где прозвища давали по живому наблюдению, а не по родословной книге.