В его основе лежит украинский глагол «махнути» со значением «звать, призывать кого-либо знаком», а также «делать скоро, спешно». Вероятно, Махнырем называли либо приветливого, либо расторопного, бойкого, проворного человека. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Махнырь лежит имя Махнырь, производная форма одного из мужских крестильных имен: Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый»), Матвей (древнееврейское, «дарованный Богом») или Епимах (греческое, «помогающий в сражении»). В таком случае можно предположить, что основатель рода Махнырь был человеком из простого сословия.