Фамилия Махомета — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, а напрямую имя пророка ислама. В русском языке это имя закрепилось в нескольких формах: Магомет, Мухаммед, Махмет. Фамилия Махомета — это не что иное, как русифицированная версия имени Магомет, к которой добавили окончание -а, характерное для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. То есть это не суффиксальная модель вроде -ов/-ев, а скорее адаптация имени в форме «чей?» — «Махометов сын», но записанная как «Махомета».

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где имя Махмет (Махомета) было широко распространено. После принятия православия многие носители таких имён получали фамилии, образованные от своего прежнего имени без изменений — просто добавляя русское окончание. Это отличает фамилию от более частых вариантов «Махметов» или «Магомедов», где суффикс -ов указывает на принадлежность.

Географически фамилия Махомета встречается в основном в регионах с татарским и башкирским населением — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также в среде казаков, где было смешение русских и тюркских родов. В дореволюционных переписях она фиксируется как редкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от конкретного человека, которого в документах записали не под фамилией, а по имени-отчеству, и это закрепилось.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Махо́мета, хотя в диалектах могло смещаться. В современном русском языке фамилия звучит экзотично, но для её носителей это прямое указание на предка, носившего имя Махомет, что делает её не просто семейным прозвищем, а живым свидетельством межкультурного взаимодействия и истории крещения народов Поволжья.