Фамилия Магомета — редкий случай, когда в основе лежит не крестильное имя, а прямое арабское имя пророка Мухаммеда (в русской огласовке XIX века — Магомет). В отличие от распространённых Магомедовых и Магомедовых, эта фамилия сохранила старую, почти книжную форму имени, которая встречалась в переводах Корана и исторических трудах дореволюционной России. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Магоме́та.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия не имеет патронимического суффикса (-ов, -ев, -ин), который обычно указывает на отчество. Окончание -а превращает имя в фамилию по типу склоняемых существительных. Это характерно для фамилий, которые оформились в среде, где русская модель «Иван — Иванов» не была единственной. Например, у восточных народов, принявших православие, или у крещёных татар фамилии иногда фиксировали имя отца без дополнительного суффикса. Среди горских народов Кавказа — осетин, черкесов, кабардинцев — тоже встречаются фамилии, оканчивающиеся на -а, которые позже были русифицированы.

Географически фамилия Магомета тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью. В метрических книгах XIX века её носители — это, как правило, мусульмане, но нередко и крещёные татары или осетины, у которых имя Магомет (или Магомед) было дано при рождении, а фамилию записали по отцу. В отличие от фамилии Магометов, которая встречается чаще и повсеместно, форма Магомета — более локальная и редкая. Она могла возникнуть при переписи, когда писарь записал имя отца в родительном падеже («чей сын? — Магомета»), и эта форма закрепилась.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла произойти от прозвища Магомета, данного человеку за набожность, строгость нрава или внешнее сходство с портретами пророка, которые бытовали в народной среде. Но в подавляющем большинстве случаев это прямое указание на имя предка-основателя рода.