Фамилия Магомеда — один из ярких примеров того, как в русской фамильной модели закрепилось имя, пришедшее из арабского мира через посредничество тюркских и кавказских языков. В основе лежит имя Магомед — адаптированная на русской почве форма имени Мухаммад (Мухаммед). Переход «Мухаммад» в «Магомед» произошёл в результате фонетических процессов в тюркских языках (оглушение и упрощение), откуда форма и была заимствована русским языком в XVIII–XIX веках.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. Типичные русские фамилии образуются с помощью суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский. Здесь же мы видим форму родительного падежа: «Магомеда» — буквально «(сын) Магомеда». Это указывает на то, что фамилия могла возникнуть в среде, где русская патронимическая модель (отчество как основа фамилии) накладывалась на местную традицию именования, но без добавления стандартного суффикса. Такая модель встречается у народов Северного Кавказа, особенно у аварцев, даргинцев, кумыков, а также у некоторых тюркских групп, где фамилии нередко оформлялись по принципу «имя отца в родительном падеже» при записи в русских документах.

Географически фамилия Магомеда преимущественно привязана к Дагестану, Чечне, Ингушетии, а также к регионам с большими диаспорами выходцев с Кавказа. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века такую форму могли записать чиновнику прямо со слов носителя: «Как тебя звать? — Магомеда сын» — и в итоге в документ попадало «Магомеда» как фамилия. Это не ошибка, а особенность документирования.

В отличие от фамилий на -ов (Магомедов), которые встречаются гораздо чаще, форма Магомеда — более редкая и архаичная. Она сохранила первоначальную грамматическую конструкцию, не «обрусев» до конца. Поэтому носитель такой фамилии может с большой вероятностью проследить свои корни к конкретному предку по имени Магомед, жившему в эпоху, когда фамилии только закреплялись у горских народов (вторая половина XIX — начало XX века).