Фамилия Магомедов — одна из самых распространённых на Северном Кавказе, и её история напрямую связана с именем основателя ислама. Она образована от мужского имени Магомед, которое является одной из диалектных форм арабского имени Мухаммед, что в переводе означает «прославляемый», «восхваляемый». В русскую бытовую традицию имя попало через тюркские и кавказские языки, где произошла замена звука «х» на «г» и упрощение: Мухаммед → Магомед.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе Магомед- добавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Магомеда». Однако, в отличие от многих фамилий центральной России, Магомедовы не получили широкого распространения среди славянского дворянства. Вопреки встречающемуся мнению о связи фамилии с выходцами из Золотой Орды, основная масса её носителей — это народы Кавказа и Закавказья, где имя Магомед было и остаётся одним из самых популярных.

Самые ранние письменные фиксации фамилии встречаются в метрических книгах и ревизских сказках XIX века, но как родовое имя она могла существовать и раньше, в устной традиции. Социальный состав носителей был пёстрым: среди Магомедовых встречались и крестьяне, и горские уздени (свободные общинники), и духовные лица. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Магомедовы несут в себе религиозный и культурный маркер — принадлежность к исламской традиции.

Стоит отличать фамилию Магомедов от однокоренных Магомедов, Магомедов, Магомедов и Магомедов — все они восходят к тому же имени, но различаются диалектным произношением или орфографией при записи в документах. В современной России фамилия Магомедов входит в число самых частотных на Кавказе, особенно в Дагестане, Чечне и Ингушетии, а также среди аварцев, кумыков и других народов региона.