Фамилия Магомедьяев — яркий пример того, как русская модель фамилии накладывается на имя, имеющее арабские корни и широко распространённое в исламском мире. Основа фамилии — личное мужское имя Магомед, которое является одной из диалектных и исторических форм имени Мухаммад (в честь пророка). В разных языках Кавказа и Поволжья это имя звучало как Магомед, Магомет, Махмуд, и именно эта форма закрепилась в русскоязычной среде в XIX–XX веках.

Разберём словообразовательную модель. К имени Магомед добавляется суффикс -ья- (вариант суффикса принадлежности -j-), а затем патронимический суффикс -ев. Получается цепочка: «Магомедья» — это краткая форма отчества, означающая «Магомедов сын» (сравните с фамилиями типа Илья — Ильин, где основа на -ья даёт -ьин). То есть Магомедьяев буквально означает «сын того, кто является сыном Магомеда» или, проще, «потомок Магомеда». Такая модель с суффиксом -ья-/-ьин характерна для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а, -я, и в данном случае она указывает на то, что предок носителя фамилии носил имя Магомед.

Географически фамилия Магомедьяев почти наверняка имеет дагестанские корни, хотя встречается и у других народов Северного Кавказа (чеченцы, ингуши). В Дагестане имя Магомед — одно из самых распространённых, а суффикс -ьяев типичен для лезгинских и некоторых других дагестанских языков при оформлении русских фамилий. Встречается также вариант написания Магомедяев (с одной буквой «ь»), что связано с особенностями передачи твёрдого/мягкого звука в документах. Носители фамилии Магомедьяев — это, как правило, потомки людей, которых звали просто Магомед, без дополнительных прозвищ. Фамилия не указывает напрямую на сословие или профессию, но говорит о том, что родоначальник был мусульманином и, скорее всего, жил в сельской общине, где имя давалось по отцу без фамилии в современном смысле слова.