Фамилия Махракова образована от мужского имени или прозвища Махрак, а оно, скорее всего, восходит к тюркскому слову «махр» — луна, месяц. В тюркских языках «махр» или «махра» могло означать «лунный», «светлый», а также использоваться как ласкательное обращение. В таком случае прозвище Махрак могли дать светловолосому или светлолицему человеку, либо же оно имело значение «красивый, как луна». Менее вероятна, но возможна связь с арабским словом «махр» — приданое, калым (в исламском брачном праве), но в русской антропонимии эта версия выглядит натянутой, так как прозвища от терминов брачного права встречаются крайне редко.

Суффикс -ов в фамилии Махракова указывает на принадлежность: Махраков — сын Махрака. Окончание -а — это женская форма фамилии, то есть Махракова — это жена или дочь Махракова. Фамилия относительно редкая, её географическое распространение связано с регионами, где исторически были сильны тюркские влияния: Поволжье, Урал, южные области России. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир, что подтверждает её тюркские корни.

В отличие от многих фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Махракова имеет в основе нецерковное, бытовое прозвище. Это значит, что предок носителя фамилии не носил имени Махрак в святцах, а был известен в своей общине под этим прозвищем. Обычно такие прозвища давали по внешности, характеру или роду занятий, и в случае с Махраком — скорее всего, по внешнему признаку.