Фамилия Махраков образована от прозвища Махрак, и за этим прозвищем стоит сразу несколько возможных историй. Самая распространенная версия связывает его с глаголом «махрятничать» — так в старину называли промысел разносной торговли мелочными товарами по деревням. Если следовать этой версии, основатель рода Махраковых был коробейником, офеней, разносившим по селам иголки, ленты, пряники и прочую мелочь. Вторая версия выводит прозвище от слова «махорка»: тогда предок мог заниматься выращиванием или продажей табака. Обе гипотезы правдоподобны, но первая выглядит убедительнее — модель прозвищ по роду занятий очень типична для русских фамилий, а вот связь с конкретным растением встречается реже.

Есть и топонимическая версия. Махра — село в Александровском районе Владимирской области, входящее в Каринское сельское поселение. Там находится Свято-Троицкий Стефано-Махрищский женский монастырь, основанный в XIV веке Стефаном Махрищским как мужской. С 1615 года обитель была приписана к Троице-Сергиевой лавре, закрыли ее в 1922-м, а в 1995-м вновь открыли — уже как женскую. В селе также бьет святой источник. Не исключено, что человека, переселившегося из Махры, дразнили Махраком, указывая на место его происхождения. Такая модель — называть человека по селу или реке, откуда он родом, — тоже широко распространена.

Наконец, Владимир Даль приводит слово «мохряк» в значении «неопрятный в одежде человек». Если прозвище связано с этим словом, оно указывало не на занятие, а на внешний вид или манеру поведения носителя. Эта версия слабее двух первых: она требует допущения о переходе «мохряк» в «махрак», а такие фонетические изменения не всегда можно подтвердить. Поэтому к ней стоит относиться как к возможной, но не основной.

Прозвище Махрак закрепилось за человеком как обиходное именование, а затем, по обычной русской модели, легло в основу фамилии с патронимическим суффиксом -ов. В документах начала XX века встречаются носители фамилии в разных концах страны: Махраков Петр Александрович родился в 1890 году в Ростове Ярославской губернии, а Махраков Прокопий Матвеевич — в 1902 году в селе Зола Нерчинско-Заводского уезда Забайкальской области. Разброс мест рождения показывает, что к началу прошлого века фамилия уже не была привязана к одной местности и распространилась далеко за пределы Владимирщины и Ярославщины.