Фамилия Маколюнас (встречается также написание Макалюнас) — литовского происхождения, что сразу заметно по характерному суффиксу -унас (-ūnas). Эта модель типична для литовских фамилий: суффикс -ūnas часто указывал на принадлежность или происхождение, примерно как русские -ов/-ев. В основе фамилии лежит прозвище Маколе (или Макале). Его значение, скорее всего, связано с латышским словом makaulė — «башка, макушка». Так могли прозвать человека с крупной головой или, в переносном смысле, умного и сообразительного.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но любопытная. Она возводит прозвище к глаголу «макать» («окунать, погружать в жидкость»). В этом случае прозвище Макаль могло закрепиться за человеком определённого ремесла: например, за тем, кто вымачивал лён или изготавливал маканые свечи. Однако стоит учесть, что эта версия опирается на русскую лексику и логику, в то время как фамилия Маколюнас по своему суффиксу и ареалу бытования — безусловно литовская. Поэтому связь с балтским словом «макушка» выглядит гораздо правдоподобнее.