Фамилия Маковлевы образована от прозвища, и её основа, скорее всего, связана с украинским глаголом «маковiти» — «румяниться, алеть как мак». Такое прозвище — Маковля — могли дать румяному, здоровому, красивому человеку. Это одна из самых прямых и понятных версий: внешний признак бросался в глаза и легко закреплялся за человеком.

Менее вероятна связь с белорусским словом «макавiна» — «макушка». Если принять эту версию, то прозвище указывало бы не на внешность, а на место жительства: Маковлей могли назвать того, чей дом стоял на возвышенности, на холме. Оба корня — мак и макушка — встречаются в славянских фамилиях, но в случае с Маковлевыми первая версия выглядит убедительнее: прозвища по цвету лица и здоровью распространены шире, чем топографические, да и глагол «маковiти» даёт более живую и конкретную картину.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Маковлев — это «сын Маковли». Фамилия закрепилась, когда прозвище перестало быть личным и перешло к потомкам. О точном времени и месте возникновения говорить сложно — процесс формирования фамилий был долгим, и такие «прозвищные» фамилии могли появиться в разных регионах независимо друг от друга.

С точки зрения словообразования, Маковлевы стоят в ряду с другими фамилиями, образованными от названий растений или их частей, но с характерным славянским глагольным оттенком: не просто «мак», а действие, свойство. Это делает фамилию не типовой «растительной», а более редкой — описательной, через качество человека.