Фамилия Маковлева — женская форма, мужской вариант — Маковлев. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на окончание, а на основу. В данном случае она образована от имени или прозвища Маковлей. Это довольно редкая словообразовательная модель: суффикс -лей (как в фамилиях Козлов, но здесь иная огласовка) указывает на то, что прозвище было образовано от глагола или имени с помощью этого форманта, который в русской ономастике встречается нечасто.

Самая вероятная версия — связь с церковным именем Макарий. В народной речи оно нередко упрощалось: Макарий превращался в Макара, а от него могли образовать уменьшительную или прозвищную форму Маковля или Маковлей. Суффикс -ей здесь выступает как вариант более привычного -ей (сравните: Копей — от копать, Воробей — от воробей). То есть Маковлей — это человек, которого в быту звали Маковлей, то есть «маленький Макар» или «сын Макара». Фамилия, таким образом, отчественная по сути, но оформленная не через стандартный -ов/-ев, а через более редкий суффикс прозвища.

Вторая, менее убедительная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «маковка» — верхушка, макушка, или с растением мак. В этом случае Маковлей могло быть прозвищем человека с заметной, высокой головой или, возможно, торговца маком. Но такая версия слабее, потому что для прозвищ от «мак» в русском языке типичны формы Маков, Маковецкий, а суффикс -лей для них нехарактерен. Скорее всего, перед нами именно вариант имени Макарий, который в отдельных регионах (например, в северных говорах или на Урале) дал такую нестандартную фамильную форму.

Фамилия Маковлева встречается редко. Её география неширокая, но можно предположить, что предки носительницы жили в местности, где имя Макар было распространено, а местный говор допускал такие усечения. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская — фамилии на -лев, -лей обычно возникали в среде, где фамилии закреплялись поздно, в XIX веке, и нередко по прозвищу отца.