Фамилия Маковцева — женская форма, а её мужской вариант Маковцев. В основе лежит слово «мак», но не в прямом значении «цветок», а в переносном, прозвищном. В русских говорах «маковцем» могли называть человека с румяным, «как маков цвет» лицом, либо того, кто сеял или торговал маком. Словообразовательная модель типична для фамилий на -ов/-ев: суффикс присоединялся к основе «Маковец» — уменьшительно-ласкательной форме прозвища или имени Макар (от греческого «макариос» — блаженный). То есть Маковец — это «маленький Макар» или «сын Макара», а Маковцев — «чей?» — его потомок.

Есть и вторая, менее очевидная версия: географическая привязка. На Руси существовали селения с названием Маковцы, Маковеево (от того же корня). Переселенец из такого места получал прозвище «Маковец» или «Маковцев», то есть выходец с Маковцев. Эта версия правдоподобна для центральных и южных областей России, где топонимы с «мак» встречаются чаще.

Исконно фамилия бытовала в среде крестьян и посадских людей — прозвища по внешности или занятию давали именно в этих сословиях. В дворянских родах она не зафиксирована. Интересно, что суффикс -цев (а не -цов) указывает на северное или восточное происхождение: в московских и южных говорах чаще писали Маковцов, а на Урале и в Сибири закрепилась форма Маковцев.

В написании с буквой «о» во втором слоге (Маковцев) фамилия сохранила древнее чередование: от «мак» через суффикс -ов- к «маковый». Встречающийся вариант Макавцев — результат аканья, когда безударное «о» на письме заменяли на «а»; это ошибка, но в документах XIX века такое встречалось.