Фамилия Маковеева происходит от прозвища или мирского имени Маковей. Основа фамилии — слово «маккавей», которое восходит к древнееврейскому «маккаби», что означает «молот». Это имя носили герои библейской истории — братья Маккавеи, возглавившие восстание против сирийского владычества во II веке до нашей эры.

В русской традиции имя Маковей часто давали в крестьянской среде. Оно могло быть связано с церковным праздником — днём памяти семи мучеников Маккавеев, который отмечается 14 августа. В народе этот день называли Маковей или Маковеев день, и он совпадал с началом сбора мака. Отсюда возникла и народная этимология, связывающая фамилию с растением мак, хотя на деле корень у неё библейский.

Суффикс -еев указывает на принадлежность. Фамилия Маковеев (женская форма — Маковеева) образована по модели «чей?» — то есть сын или потомок Маковея. Такая модель типична для русских фамилий, возникших от полных форм канонических или народных имён.

Фамилия не относится к числу самых распространённых, но встречается в центральных регионах России, а также на юге, где сильны традиции православных праздников. Поскольку имя Маковей давали в основном простым людям, предки носителей фамилии скорее всего были крестьянами или ремесленниками, а не дворянами.

В ономастике фамилию Маковеев иногда сравнивают с однокоренными Макавеевым и Маккавеевым. Разница в написании — одна или две буквы «к» — отражает разную степень адаптации еврейского слова в русском языке. Форма с одной «к», как в фамилии Маковеева, более русифицированная и близка к народному произношению.