Фамилия Маковнев восходит к мирскому имени Маковей. Согласно одной из гипотез, эта фамилия имеет семинарское происхождение и образована от названия народа маккавеи, упоминаемого в Библии. Другой вариант происхождения этой фамилии представляется более правдоподобным и связан с названием религиозного праздника Спас-Маккавей (в начале августа).