Фамилия Маковникова — женская форма фамилии Маковников, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе лежит слово «маковник» — так в русских говорах называли того, кто сеял мак или готовил из него лакомства: маковое молочко, маковники (выпечку с маком). Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крестьянином, специализировавшимся на выращивании мака, или же пекарем, который славился маковыми пирогами. В некоторых регионах «маковником» могли прозвать и просто любителя маковых булок.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: основа «маковник» плюс патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях указывал на принадлежность — «сын Маковника». Суффикс -ов характерен для центральных и северных областей России, где фамилии образовывали от прозвищ и названий занятий. В южных и западных регионах чаще встречались бы варианты на -енко или -ук, так что география фамилии Маковников тяготеет к великорусскому центру.

Интересная деталь: однокоренные фамилии — Маков, Маковкин, Маковецкий — могут указывать на разные пути происхождения. Маков и Маковкин, скорее всего, от имени Макар (в народном сокращении Мако), а Маковецкий — от географического названия (село Маковцы). Маковников же стоит особняком: его корень не имя, а именно прозвище по роду деятельности, что делает фамилию «говорящей» о ремесле предка.

Сословная принадлежность Маковниковых, вероятнее всего, крестьянская или мещанская. В дворянских родословных эта фамилия не встречается, что подтверждает её народное, бытовое происхождение. В архивных записях XIX века носителей фамилии можно найти среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний России, где мак традиционно выращивали для масла и кондитерских нужд.