Фамилия Марковникова — женская форма фамилии Марковников, которая образована по типичной русской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или отчество Марковник, а оно, в свою очередь, происходит от имени Марк или его производных. Марк — каноническое христианское имя, восходящее к латинскому Marcus (возможно, от имени бога Марса или от слова «молоток»). В русской традиции имя было распространено в среде духовенства и купечества, но реже встречалось у крестьян.

Интересна модель образования: суффикс -ник в основе Марковник мог указывать на человека, связанного с Марком каким-либо отношением — например, «сын Марка» или «человек Марка». Однако есть и другая версия: в некоторых говорах «марковник» — это прозвище, данное по роду занятий или характерному признаку. Сравните: «маковник» (торговец маком), «медовник» (пасечник). В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные формы на -ник часто обозначали человека, который занимается тем, что указано в корне. Но в случае с Марковниковым корень — личное имя, а не предмет или продукт, поэтому версия «сын Марка» выглядит убедительнее.

Географически фамилия редкая, её можно встретить в записях XIX века в центральных губерниях России, особенно среди мещан и купечества. В отличие от более частых Марковых или Маркиных, форма Марковникова сразу указывает на нестандартный суффикс, что может говорить о происхождении из небольшой локальной группы, где такое прозвище закрепилось за конкретным родом.

Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, первый Марковников был либо сыном человека по имени Марк (или Марко), либо получил прозвище от имени отца, которое со временем стало фамилией. Факт, что фамилия дошла до нас в форме с суффиксом -ов, а не, скажем, -ин, указывает на то, что основа (Марковник) воспринималась как самостоятельное слово, а не как притяжательное прилагательное. Это редкая деталь, которая отличает Марковниковых от массы фамилий, образованных просто от имени Марк.