Фамилия Марковнина — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве родового именования. В русской традиции фамилии на -ина обычно образовывались от мужских личных имён или прозвищ с помощью притяжательного суффикса: Иванов — Иванова, Марков — Марковина. Но здесь мы видим нестандартную модель: основа Марковн- явно восходит к отчеству Марковна, то есть «дочь или жена Марка». Обычно отчества становились фамилиями в единичных случаях, и чаще это происходило на севере России, в старообрядческой среде или в крестьянских семьях, где женщина могла быть главой дома или вдовой, и её именовали по отцу мужа — Марковна.

По корню фамилия прозрачна: Марк — каноническое крестильное имя, пришедшее из латыни (Marcus — «молоток» или «посвящённый богу Марсу»). Однако в русской деревне имя Марк было не самым частым, чаще использовали его производные — Маркел, Мартын. Поэтому фамилия Марковнина могла возникнуть в местности, где имя Марк было в ходу, например, у духовенства или в купеческой среде.

Социальный контекст тоже необычен. Фамилии на -ина в полной форме (а не Марковна) чаще получали женщины, вышедшие замуж за человека с фамилией Марков. Но Марковнина — это не «жена Маркова», а скорее «та, кого звали Марковна», то есть фамилия-отчество. Такие случаи фиксированы в переписных книгах XVII–XVIII веков: например, в документах по Архангельской губернии встречаются крестьянки, записанные как «Марковна» без фамилии, а их потомки уже получали фамилию Марковнины.

Географически фамилия редкая, её следы встречаются в центральных областях России и на Урале, но без массового распространения. Спорных версий происхождения здесь нет — корень очевиден, а суффикс указывает на специфическую модель, характерную для русского Севера. Так что предки носителя фамилии Марковнина, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, где женщину уважительно называли по отчеству, и это прозвище перешло в фамилию.