Фамилия Марковниченко — редкий пример тройного суффиксального наращения, что сразу выделяет её среди более привычных Марков, Марковцев или Марковских. Словообразовательная цепочка здесь неочевидная, но её можно восстановить. В основе лежит каноническое имя Марк (от латинского Marcus — «молоток» или посвящённый богу Марсу). От него образована отчество-фамилия Марков, затем с помощью суффикса -ник- (указывающего на принадлежность к группе или роду занятий) возникла фамилия Марковник. И уже от неё, через украинский патронимический суффикс -енко («сын» или «потомок»), появился Марковниченко. То есть буквально: «сын того, кто из рода Марковых» или «сын Марковника».

Такая трёхступенчатая модель (имя → -ов → -ник → -енко) встречается редко и говорит о длительном бытовании фамилии в среде, где ценили уточняющие указания на происхождение. Носители фамилии, скорее всего, происходят из регионов, где украинский суффикс -енко смешался с русской основой на -овник — это характерно для пограничья, например для Слобожанщины (современные Харьковская, Сумская области) или южнорусских земель, где оседали выходцы из Малороссии.

Версия, что фамилия могла возникнуть от прозвища Марковник (человек, имеющий отношение к Марку или к некоему «маркову» хозяйству), тоже правдоподобна, но менее вероятна — суффикс -ник в фамилиях чаще указывает на групповую принадлежность, чем на индивидуальное прозвище. В любом случае, Марковниченко — не случайное сочетание, а продукт последовательного именования, которое складывалось не в один день.

Сведений о дворянском или крестьянском происхождении фамилии нет, и скорее всего она бытовала среди казачества или мещанства — именно в этих слоях любили длинные патронимы с нанизыванием суффиксов. Сегодня фамилия редкая, её можно встретить в основном в Украине и южных областях России, а также в среде потомков переселенцев.