Фамилия Малакшинов — редкий случай, когда географический и языковой следы ведут не в центр России, а на север и восток. Её основа — прозвище Малакша, которое с большой вероятностью восходит к коми-пермяцкому или удмуртскому слову «малак» — «мелкий, небольшой». Суффикс -ша в таких прозвищах характерен для уральского и северного регионов: он мог означать уменьшительность или принадлежность (ср. фамилии Малых, Маланин). Таким образом, Малакша — это «малыш», «коротышка», а позже — прозвание человека невысокого роста или младшего в семье.

Русский патронимический суффикс -ов превратил прозвище в фамилию: Малакшинов — «сын Малакши». Форма на -ов, а не на -ин, указывает, что в основе лежало слово мужского рода (Малакша), а не женского. В говорах Пермского края и Кировской области слово «малакша» могло также означать «мелкая рыба» или «малёк» — тогда прозвище мог получить рыбак или человек с «рыбьей» внешностью, но эта версия менее распространена.

Ареал фамилии подтверждает северное происхождение. Малакшиновы встречаются в Пермском крае, Удмуртии и Кировской области — именно там, где столетиями жили коми-пермяки и удмурты, а русские переселенцы заимствовали местные слова. Фамилия не попала в дворянские родословные книги и не получила широкой известности — её носители, скорее всего, были государственными или заводскими крестьянами, а позже — рабочими уральских заводов.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия избежала типичного для русского севера суффикса -их/-ых (ср. Малакшиных). Вариант на -ов закрепился, вероятно, уже в XIX веке при переписях, когда чиновники «обрусили» местные прозвища по единому образцу. Сегодня Малакшинов — одна из тех фамилий, по которой можно безошибочно определить: предки жили на стыке русской и финно-угорской культур, в краю лесов и рек, где прозвища давали по росту, а не по богатству.