Фамилия Малченкова — женская форма фамилии Малченков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Малчко, которое образовано от прилагательного «малый» с помощью суффикса -к-. В древнерусской антропонимии такие имена давали второму, младшему ребенку в семье или человеку невысокого роста: Мал, Малец, Малой, Малуша. Суффикс -чк- в имени Малчко — характерная черта юго-западных русских говоров, где он придавал уменьшительно-ласкательный оттенок. В украинской и белорусской традиции форма Малчко встречается чаще, чем в северорусской.

Сам по себе суффикс -енков в фамилии типичен для восточноукраинских и южнорусских земель (бывшая Слобожанщина, Курская, Воронежская, Ростовская области). Он указывает на происхождение от отчества: Малченков буквально означает «сын Малчка». В XVII–XVIII веках такие фамилии активно закреплялись за казачьими и крестьянскими родами, которые переселялись на южные окраины государства.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с профессиональным прозвищем Мальчик — так могли называть подмастерья, ученика ремесленника или мальчика на побегушках. Однако в этом случае ожидалась бы форма Мальчиков, а не Малченков. Разница в корневой гласной (а/о) и суффиксе (-чик vs -чк) делает эту гипотезу слабой.

Встречается также написание Мальченкова — с мягким знаком после л. Это следствие диалектного произношения: в некоторых говорах «л» перед согласным смягчали, и на письме это отражали. Оба варианта считаются исторически допустимыми, хотя современная орфоэпическая норма тяготеет к твердому «л» в фамилии Малченков.

По сословной принадлежности фамилия Малченковых не была дворянской: в дореволюционных списках она встречается у крестьян, мещан и однодворцев южных губерний. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что типично для фамилий, образованных от имен-прозвищ простонародной среды.