Фамилия Малченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая указывала на происхождение от отца или его прозвища. Такие фамилии массово закрепились в Левобережной Украине (исторически — Гетманщина, Слобожанщина) в XVII–XVIII веках, а позже распространились по всей России. Суффикс -енко здесь — не уменьшительный, а патронимический: Малченко буквально значит «сын Малка» или «потомок Малого».

Основа фамилии — прозвище Малко. Это не имя, а скорее всего уменьшительная форма от прилагательного «малый»: так могли называть человека невысокого роста, младшего в семье или просто того, кто чем-то выделялся своей «малостью». В украинской народной традиции прозвища с корнем мал- были очень распространены: Малый, Малец, Малко. В письменных источниках XVII века встречаются запорожские казаки с такими прозвищами — например, Малко упоминается в реестрах Войска Запорожского.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий Малченко, Маленко, Малыш, форма Малченко говорит о том, что основа была именно Малко, а не Малый. Это указывает на конкретное лицо — некоего Малка, который и дал начало роду. Поскольку прозвище было личным, фамилия могла возникнуть в разных местах независимо, но её основной ареал — центральные и восточные области Украины (Полтавщина, Черниговщина, Харьковщина).

С точки зрения словообразования, фамилия Малченко стоит в ряду с однокоренными Мальченко, Малюченко, Малашенко. Разница в суффиксах и огласовке корня — результат местных говоров и случайного закрепления в документах. Поэтому встретив Малченко, не стоит искать какой-то уникальный смысл: это обычная украинская фамилия, возникшая из бытового прозвища, которое дали невысокому или младшему предку.