Фамилия Малфыгина — женская форма, мужской вариант — Малфыгин. Это относительно редкая фамилия, и её разговорный, почти прозвищный характер сразу бросается в глаза. В основе лежит не церковное имя, а бытовое прозвище, и ключ к разгадке — в корне «-мал-».

Самый вероятный источник — слово «малфый» или «малфий», которое в русских говорах (особенно северных и уральских) означало «небольшой, малорослый», а иногда — «неповоротливый, медлительный человек». Суффикс «-ыг-» в русском языке — типичный признак прозвищ, образованных от прилагательных: он придаёт слову оттенок просторечия и указывает на носителя качества. Сравните: «малый» → «малыга» (маленький человек), «худой» → «худыга». То есть Малфыга — это человек, которого дразнили за низкий рост или, реже, за нерасторопность. Фамилия, таким образом, закрепила за родом это прозвище.

Есть и вторая, менее распространённая версия. В некоторых диалектах «малфыгой» могли называть человека с необычной, «неправильной» походкой или того, кто «малфит» — то есть делает что-то неловко, с трудом. Но эта трактовка менее надёжна, так как слово «малфить» фиксируется редко и в основном в контексте «говорить невнятно, бормотать». Прямой связи с фамилией здесь меньше.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России — Вологодской, Архангельской, Кировской областям и Пермскому краю. Это регионы, где были сильны древние новгородские говоры, сохранившие множество слов с суффиксом «-ыг-». Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном-двух сёлах и распространилась с переселенцами.

Интересная деталь: фамилия Малфыгин не связана с английским именем Малфой (Malfoy) из книг о Гарри Поттере, хотя внешнее сходство иногда подталкивает к ложным ассоциациям. Русская фамилия — чисто народная, крестьянская, без намёка на «злую волю». Предки современных Малфыгиных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, которых в быту называли по самому заметному внешнему признаку — невысокому росту.