Основой фамилии Малфыгин послужило мирское имя Малфыга. Фамилия Малфыгин восходит к церковному мужскому имени Малахий, что в переводе с древнееврейского означает «посланник мой». В русском языке распространена была его просторечная форма Малафей (в «окающих» говорах - Малофей). А в основу фамилии легла просторечная форма — Малфыга. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малфыга, со временем получил фамилию Малфыгин.