Фамилия Малфыгин — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в виде, далёком от исходника. В её основе лежит просторечная форма канонического мужского имени Малахий. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник мой», но в русской бытовой среде имя быстро обрастало местными вариантами: в «окающих» говорах звучало как Малофей, а в некоторых диалектах превратилось в Малфыга.

Именно эта разговорная форма — Малфыга — и стала непосредственным источником фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Малфыгин, то есть сын или потомок Малфыги. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Интересно, что при всей кажущейся простоте фамилия содержит редкий переход: от книжного библейского Малахий до почти неузнаваемого Малфыга. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили в среде, где имя активно бытовало в устной речи и подвергалось сокращению. Вероятнее всего, они происходили из северных или центральных областей России, где «оканье» и усечение имён были особенно распространены.

В отличие от более частых фамилий вроде Малафеев или Малофеев, Малфыгин встречается значительно реже. Это не ошибка письма, а самостоятельная ветвь народной ономастики, сохранившая локальный диалектный оттенок.