Фамилия Малмыгин образована от прозвища Малмыга, которое восходит к слову «мальма» - «рыба рода гольцов семейства лососевых». Можно предположить, что предок Малмыгиных был заядлым рыболовом. Однако, так могли прозвать и того, кто любил блюда из рыбы. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Малмыга, со временем получил фамилию Малмыгин.