Фамилия Малмыго — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив исходную форму. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно оформляют фамилию в русской традиции. Это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть бывшее прозвище, закрепившееся за родом в том виде, в каком его дали.

Корень «малмыг-» не встречается в литературном русском языке, но хорошо известен в диалектах. В северных и уральских говорах «малмыга» — прозвище для человека с кислым, недовольным выражением лица, брюзги. Слово происходит от глагола «малмыжить» (хмуриться, морщиться, быть угрюмым). В словаре Владимира Даля «малмыга» — вялый, кислый человек, который всё делает нехотя. Таким образом, основа фамилии — не имя и не профессия, а характеристика поведения.

По модели образования фамилия Малмыго тяготеет к южнорусской и украинской традиции, где окончание -о часто сохранялось в прозвищах (ср. Нечволод, Ярмоленко). Однако встречается она в основном в Сибири и на Урале, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из разных регионов. Вероятно, предок носителя фамилии получил это прозвище за медлительность или ворчливость, и оно закрепилось за его потомками как родовое имя.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом Малмыж (город в Кировской области). Но фамилия Малмыжский или Малмышев была бы логичнее для выходца из тех мест. Форма Малмыго скорее указывает на прямое прозвище, а не на географическое происхождение.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, большинство носителей живут в Красноярском крае и Иркутской области. Это подтверждает версию о сибирском бытовании: прозвище могли принести на новые земли переселенцы из северных губерний, где диалектное слово «малмыга» было в ходу.