Фамилия Маллыгин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, связанное с речью. Её ядро — диалектный глагол «малыгать», который в ряде говоров означал «говорить невнятно, бормотать, мямлить». Человека, который «малыгал», то есть тянул слова или говорил с запинкой, в народе так и прозывали — Маллыга. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «сын Маллыги» или «из семьи Маллыги».

Эта словообразовательная модель (основа на -а + суффикс -ин) — одна из древнейших в русской антропонимии. Она типична для северных и центральных областей России, где прозвища чаще переходили в фамилии без изменений. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от существительных мужского рода с твёрдым окончанием (Петр — Петров), фамилии на -ин шли от основ на -а/-я (Маллыга — Маллыгин). Это сразу выдаёт бытовое, нецерковное происхождение прозвища.

Стоит обратить внимание на двойное «л» в корне. В русских говорах удвоение согласных часто возникало при экспрессивном произношении — так прозвище могло звучать более выразительно, подчёркивая манеру говорения. Встречаются варианты написания «Малыгин» (без удвоения), но именно форма «Маллыгин» устойчиво закрепилась в документах, что говорит о фиксации прозвища именно в таком, «усиленном» виде.

В метрических книгах XIX века фамилия Маллыгин встречается преимущественно в Вятской и Пермской губерниях — регионах, где сохранялись архаичные говоры и где прозвища подобного типа были особенно живучи. Сословная принадлежность носителей, судя по сохранившимся записям, — в основном государственные крестьяне. Никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями в данном случае нет: фамилия чисто русская, диалектная, и её значение лежит на поверхности народной речи.