Фамилия Маклыгин образована от прозвища Маклыга, которое закрепилось за родоначальником. Слово «маклак» в русских говорах имело несколько значений, и каждое из них могло лечь в основу прозвища. Самое прямое — «мосол, большая кость»: так могли назвать либо очень крупного, ширококостного человека, либо, наоборот, худощавого, у которого кости выступали.

Но гораздо чаще слово «маклак» (и «маклыга») относилось к сфере торговли. Маклаком называли перекупщика, посредника на торгах, а также торговца старыми, подержанными вещами. В этом значении прозвище переходило в разряд профессиональных именований: предок Маклыгиных мог промышлять мелкой перепродажей или сводничеством в сделках. В некоторых говорах у слова появился и дополнительный оттенок — «скупец», что тоже указывало на характер или манеру ведения дел.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе «Маклыг-» добавился суффикс принадлежности «-ин», означающий «чей?» — то есть сын, потомок Маклыги. Форма с суффиксом -ин характерна для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Встречаются и однокоренные фамилии: Маклаков, Маклыков, Маклагин — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксальным оформлением.

Географически фамилия Маклыгин тяготеет к северным и центральным регионам России. В писцовых книгах и архивных записях прозвище Маклыга фиксируется с XVII века, особенно в среде посадских людей и крестьян, занятых мелкой торговлей. Таким образом, фамилия Маклыгин принадлежит к числу ранних русских фамилий, возникших в среде непривилегированных сословий и сохранивших память о прозвище предка — будь то его внешность, занятие или черта характера.