Фамилия Маклыгина — женская форма, образованная от мужской Маклыгин. В основе лежит прозвище Маклыга, которое восходит к слову «маклак». У этого слова было несколько значений, и каждое могло стать источником прозвища.

Самое прямое значение слова «маклак» — «мосол, большая кость». Так могли прозвать человека за внешность: либо крупнокостного, широкого в плечах, либо, наоборот, худощавого, костистого. Вторая, не менее распространённая линия — профессиональная. Маклаком или маклыгой в старых русских говорах называли перекупщика, посредника на торгах, торговца подержанными вещами. Это слово хорошо знакомо по историческим описаниям ярмарочного быта: маклаки скупали товар оптом и перепродавали в розницу, часто с выгодой для себя. Прозвище могло закрепиться за человеком, который промышлял таким ремеслом. Наконец, в некоторых диалектах «маклыга» означала скупца, человека расчётливого и осторожного в тратах.

Таким образом, у фамилии Маклыгина три равноправных объяснения — по внешности, по роду занятий или по характеру предка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маклыгин — «сын Маклыги» или «человек из рода Маклыги». Форма Маклыгина — это «жена или дочь Маклыгина», и в современном употреблении она закрепилась как фамилия женщины.

В отличие от многих фамилий, образованных от «говорящих» прозвищ, здесь нет однозначного ответа, какое значение было первичным. Скорее всего, в разных родах Маклыгиных прозвище возникло независимо и по разным причинам. Фамилия редкая, с ярко выраженной диалектной основой, что указывает на её происхождение в среде торговых людей или крестьян северных и центральных губерний России, где слово «маклак» было в ходу.