Фамилия Малыкин образована от прозвища Малыка — так в семье ласково называли самого младшего или невысокого ребенка. В русском быту хватало и других однокоренных прозвищ: Малой, Малец, Малыш, но именно форма Малыка с суффиксом -ык- указывает на особенно теплое, домашнее обращение. Потомок человека с таким прозвищем и получил фамилию Малыкин по стандартной модели: основа Малык- плюс суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Малыки».

Словообразовательная модель здесь простая и распространенная: суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность (сравните: Ильин, Пушкин, Бородин). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных имен или названий профессий, фамилии на -ин тяготеют к прозвищам и уменьшительным формам. Малыкин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Малыхин, Малышев, Малютин — все они вышли из одного корня «мал-», но разошлись по разным суффиксальным моделям.

Интересно, что прозвище Малыка могло закрепиться не только за ребенком, но и за взрослым невысокого роста — в северных и центральных говорах слово «малыка» иногда употреблялось именно в этом значении. Однако первая версия (ласкательное имя для младшего в семье) выглядит правдоподобнее: в русской ономастике такие прозвища часто давали детям и они переходили в фамилии без изменений.

Фамилия Малыкин встречается преимущественно в центральных областях России, особенно в старых переписных книгах по Ярославской и Костромской губерниям. Это говорит о том, что фамилия сложилась в крестьянской среде, где прозвища были естественной частью быта, и лишь позже закрепилась как наследственная.