Фамилия Малыковский — классический пример того, как географическая привязка и личное имя могут слиться в фамилии с польским или западнорусским оттенком. Её основа — имя или прозвище Малык, а суффикс -овский указывает на то, что предок носителя фамилии был выходцем из населённого пункта с названием вроде Малыково или Малыковка, либо владел таким поместьем. Такая модель была особенно характерна для шляхты Речи Посполитой и затем распространилась среди всех сословий на землях современной Беларуси, Украины и западных областей России.

Само имя Малык — это уменьшительная форма от канонического имени Мал, которое в древнерусской традиции нередко давали младшему ребёнку или человеку невысокого роста. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается, что Мал — это и прозвище, и нецерковное имя, бытовавшее в XV–XVI веках. Таким образом, Малыковский буквально означает «тот, кто из рода Малыка» или «житель Малыкова». Фамилия не указывает напрямую на ремесло или социальный статус предка, но говорит о том, что родоначальник, скорее всего, был оседлым крестьянином, мелким служилым человеком или мещанином, закрепившим за собой прозвание по месту жительства или отцу.

Интересная деталь: несмотря на типично польский суффиксальный формант, фамилия Малыковский встречается не только в западных регионах, но и в центральной России, что объясняется миграцией дворянских и крестьянских родов после разделов Польши и в ходе освоения новых земель. В отличие от более распространённой фамилии Малышев, где суффикс -ев указывает на прямое отчество («чей сын?»), Малыковский подчёркивает территориальную принадлежность: это не столько «сын Малыка», сколько «человек из Малыкова». Встречаются также варианты написания — Маликовский, которые могли возникнуть под влиянием акающего произношения или из-за путаницы с фамилией от имени Малик (арабского происхождения, означающего «царь»), но для Малыковского исходная связь с корнем «мал» остаётся основной и наиболее правдоподобной.