Фамилия Малыков — одна из тех, где за простым звучанием скрывается спор о происхождении. Самая очевидная и распространённая версия отталкивается от прилагательного «малый», то есть «маленький». В этом случае фамилия образована от мирского имени или прозвища Малой, Малец или Малык. В крестьянской среде ребёнка могли ласково называть Малыком, и это имя закреплялось за ним на всю жизнь, переходя к потомкам в форме Малыковы.

По второй, не менее логичной версии, прозвище Малыков давали уже взрослому человеку невысокого роста. Такие «ростовые» прозвища были очень распространены на Руси: рядом с Малыковым стоят Малков, Малютин, Малыхин. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий, означающую «чей?» — то есть сын Малыка или из семьи Малыка.

Существует и третья, более редкая гипотеза, которая связывает фамилию с каноническим именем Малахия. В народной речи оно часто звучало как Малах, а его просторечная форма — Малык. Имя Малахия пришло из древнееврейского, где означает «посланник мой». В Библии это имя носит один из малых пророков, предсказывавший суд над иудейским народом за пороки, прелюбодеяния и притеснение слабых. Однако эта версия менее убедительна: имя Малахия никогда не было на Руси столь массовым, чтобы породить многочисленные фамилии, в отличие от прозвища «малый».

Таким образом, скорее всего, ваши предки по фамилии Малыков получили её из-за невысокого роста или как ласковое домашнее имя. Географически фамилия встречается повсеместно, но чаще — в центральных и северных областях России, где прозвищные фамилии были особенно типичны.