Фамилия Малыков образована от аналогичного ласкательного мирского имени, которое восходит к прилагательному «малый», то есть «маленький». В семьях ребенка часто называли просто Малой, Малец или Малыкова. По другой версии, в основе фамилии лежит прозвище Малыков. Так могли прозвать человека невысокого роста. Существует также гипотеза, согласно которой фамилия Малыкова происходит от канонического мужского имени Малахия (народная форма Малах), которое пришло в русский язык из древнееврейского, где имеет значение «посланник мой». В основе же фамилии лежит его просторечная форма — Малыкова. За эти и другие пороки (прелюбодеяние и чародейства, ложные клятвы, притеснение вдов и сирот, отвержение пришельцев, удержание платы у наемников и т.д.), как предвещал святой Малахия, иудейский народ будет представлен на Суд Божий.