Фамилия Малыкцев — редкий пример, где суффикс -ев прикреплён к основе, оканчивающейся на -ца. Такое сочетание встречается нечасто и само по себе указывает на конкретную модель: фамилию образовали от имени или прозвища Малыкца. Суффикс -ев здесь закономерен, так как конечный звук основы мягкий (ц).

В основе лежит корень мал-, от прилагательного «малый». В русской традиции ребёнка в семье могли ласково называть Малой, Малец, Малыка, а уменьшительная форма Малыкца — следующий шаг в этой цепочке. Так мирское имя закреплялось за человеком и переходило к его детям.

Существует иная версия: фамилия восходит к каноническому имени Малахия (в народной форме Малах). Это древнееврейское имя означает «посланник мой». В просторечии имя могло трансформироваться в Малыка, а затем — в Малыкца. Святой Малахия, согласно библейским текстам, обличал пороки иудейского народа: прелюбодеяние, ложные клятвы, притеснение вдов и сирот, предвещая Суд Божий. Однако эта версия менее вероятна: имя Малахия давалось по святцам, но его просторечные варианты (Малах, Малашка) редко давали форму с суффиксом -ыкц-.

Прозвище Малыкца могли дать не только самому младшему в семье. В говорах «малыкца» иногда называли невысокого ростом человека или того, кто занимал подчинённое положение. География фамилии неширокая — встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, что характерно для фамилий, образованных от прозвищ с корнем мал-.