Фамилия Маликовский — типичный пример «географической» фамилии, образованной по польско-украинской модели с суффиксом -ский/-цкий. Такие фамилии указывали на место, откуда человек родом, или на владение землей. Основа здесь — топоним Маликово. Названий с корнем «мал-» (от «малый», «маленький») в славянском мире множество: от деревень Маликово в бывшей Витебской губернии до сел Маликовка на Украине и в Беларуси. Предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из одного из таких мест — «маликовский» буквально означало «тот, кто из Маликова».

Суффикс -ский в этой фамилии — не русский, а скорее западнорусский или польский. В центральной России фамилии на -ский чаще были дворянскими (по названию имения), а на землях бывшей Речи Посполитой их носили и крестьяне, и мещане, и шляхта. Поэтому Маликовский мог быть как мелким шляхтичем, владевшим хутором Маликово, так и крестьянином, который переселился в город и взял фамилию по родной деревне. Второй вариант даже вероятнее: массово такие фамилии закреплялись в XIX веке при отмене крепостного права, когда бывшим крепостным давали фамилии по названиям их деревень.

Корень «Малик-» иногда путают с тюркским именем Малик (от араб. «владыка»), но для фамилии Маликовский это маловероятно. Тюркская основа дала бы фамилию Маликов (без -ский), а суффикс -ский указывает на славянскую географическую модель. Есть и редкая версия, что в основе лежит прозвище Малик — «маленький человек», но тогда логичнее было бы ожидать фамилию Маликов или Маличкин. Географическое происхождение остается главным.

По написанию фамилия устойчива: Маликовский (с ударением, как правило, на втором слоге — Малико́вский). Вариант Малико́вска в женском роде встречается в польской традиции. В России фамилия редкая, но не единичная — встречается в западных областях, особенно в Смоленской, Брянской, а также у потомков переселенцев из Беларуси и Украины.