Фамилия Малликов при первом взгляде кажется иноязычной, но на деле это вариант хорошо знакомой русской фамилии. В её основе лежит крестильное имя Мал, уменьшительная форма от Емельян (греч. «льстивый, приветливый») или от Мануил (др.-евр. «с нами Бог»). Однако есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах «малый» означало «младший сын» или «подросток», так что Малликов мог быть сыном Малого — то есть того, кого в семье прозвали за рост или возраст.

Особенность фамилии — двойная «л». В русской ономастике это сравнительно редкое явление для фамилий на -ов. Скорее всего, удвоение возникло из-за того, что исходное прозвище Малл или Малль бытовало в среде, где «л» произносили твёрдо и с придыханием (например, в северных или южнорусских говорах). На письме это закрепилось как Малликов, чтобы отличить фамилию от более распространённой Маликов (от имени Малик или от малина). В документах XIX века встречаются оба варианта бок о бок, что говорит о неполной стандартизации.

По географии фамилия Малликов тяготеет к Среднему Поволжью и Приуралью. В метрических книгах Казанской и Симбирской губерний такие записи попадаются у государственных крестьян и бывших однодворцев. Это подтверждает, что предки Малликовых не были дворянами — фамилия сложилась в крестьянской или мещанской среде, где прозвища давали по внешности или по старшинству в семье.

Если сравнивать с однокоренными: Малков — самая частая форма, Малёк — южный вариант, а Малликов стоит особняком, сохранив архаичное произношение. Встречается также написание Малликов с одной «л» — это результат упрощения при переписи, но носители почти всегда восстанавливают двойную согласную в паспортах.