Фамилия Маликин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от женского имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Маликин буквально означал «чей?» — «сын Малики» или «человек из рода Малики». Имя Малика пришло к евреям из арабского языка и в переводе означает «принцесса». Оно, в свою очередь, произошло от мужского имени Малик — «повелитель, владыка», которое в арабском мире изначально использовалось как монархический титул.

Обычно фамилии на -ин от женских имён встречаются реже, чем от мужских, и часто указывают на то, что в основе лежит имя матери или жены. В случае с Маликиным это может говорить о том, что в семье женщина по имени Малика играла заметную роль, либо, что более вероятно, фамилию дали по имени матери-вдовы в еврейской среде, где в XIX веке при присвоении фамилий нередко использовали имена родителей.

Обратите внимание на ударение: в самой фамилии оно падает на второй слог — Мали́кин, что соответствует ударению в исходном имени Мали́ка. В некоторых говорах возможен перенос на первый слог, но литературная норма сохраняет ударение на «и».

По географии фамилия Маликин встречается в основном на территориях, где исторически проживали еврейские общины: в Беларуси, на Украине, в Молдове. В России она расселилась шире, но остаётся относительно редкой. Однокоренные фамилии — Маликов, Малик — чаще образованы от мужского имени Малик, тогда как Маликин сохраняет связь именно с женским вариантом, что делает её любопытным исключением среди «патронимических» фамилий.